Biodiversité et dérives écologiques
Biodiversité : état actuel
En raison d'une dynamique élevée, les plaines alluviales des grands cours d'eau présentent une variété très importante d'habitats permettant à une grande diversité spécifique de s'exprimer. Malheureusement, leur exploitation et leur régulation par les hommes ont largement réduit cette potentialité.
La conservation des écosystèmes alluviaux médio-européens et leur restauration représentent un enjeu majeur. Ils constituent en effet un type d'écosystèmes parmi les plus complexes et les plus organisés dans cette zone climatique. Ils sont également parmi les plus dynamiques, leurs fluctuations et leurs changements régissant le fonctionnement et la biodiversité de nombreux et différents milieux. Par exemple, près de 14500 espèces sont décrites pour les eaux douces européennes dans la Limnofauna Europaea, dont environ 400 espèces de vertébrés.
A la fin des années 2000, près de 3820 espèces d'animaux et de plantes étaient recensées sur le chenal principal et la plaine alluviale du Rhône Français : 1052 invertébrés, 322 vertébrés, 395 algues, 2050 plantes supérieures
Le Haut-Rhône est très souvent le secteur abritant le plus d'espèces. Cette situation est sans doute dûe à un meilleur état de conservation ; une dynamique fluviale plus importante et un mélange d'espèces médio-européennes et montagnardes. Les deux autres zones riches en espèces sont le lac du Bourget et la plaine alluviale de la Camargue. Cette dernière soutient une riche diversité grâce en partie à la bonne conservation de ses habitats mais aussi grâce à la pénétration de nombreuses espèces marines (poissons et invertébrés en particulier) dans le milieu limnique jusqu'à la limite du coin salé.
Dérives écologiques
Evolution historique récente des peuplements de poissons
Les conséquences de la gestion du cours principal du Rhône, en accroissant la profondeur et en accentuant la pente des berges , a rendu la survie des jeunes stades piscicoles moins favorable. Au milieu du 20 ème siècle la construction des premiers barrages sur le cours supérieur (Verbois, Génissiat) et leur vidange périodique ont abouti à un net déclin des salmonidés et d'autres espèces comme le barbeau fluviatile, le vairon, le blageon, le goujon et la loche franche et à la disparition de l'apron. A l'opposé, après l'aménagement du milieu (parties court-circuitées et milieux artificialisés) certaines espèces ont été favorisées (gardon, goujon, chevaine) et on note actuellement l'augmentation du gardon et du chevaine.
Aménagement électronucléaire et hydroélectrique du Rhône :
Barrage de St-Pierre-de-Bœuf sur l'aménagement CNR de Péage-de-Roussillon
D'un point de vue typologique, les peuplements du Haut-Rhône et du Rhône Moyen deviennent progressivement convergents, passant du type "épipotamon" (cours d'eau à substrat grossier et vitesse rapide dans les secteurs de radier encore présents, abritant une faune de salmonidés et d'espèces rhéophiles) à un type "métapotamon" (rivière de plaine à granulométrie fine dominante abritant des espèces tolérantes à la température et au courant, à cyprinidés dominants).
Outre les poissons migrateurs comme l'alose, des espèces telles que la lamproie, le toxostome ou le blageon sont également menacées dans le bassin rhodanien par l'impact des activités humaines. Celles ci perturbent des habitats essentiels que sont les parties basses des cours d'eau où les poissons se reproduisent, trouvent nourriture et protection. Le cas le plus spectaculaire reste celui de l'apron, espèce emblématique, endémique du bassin du Rhône, qui a pratiquement disparu du fleuve suite à la construction des barrages hydroélectriques.
